Jest absolwentką Akademii Muzycznej w Łodzi. Uczestniczyła w kursach oratoryjno-kantatowych u Adele Stolte w ramach Festiwalu Wratislavia Cantans.
Na scenie Teatru Wielkiego w Łodzi zadebiutowała partią pani Rossignol w operze Dyrektor teatru Wolfganga Amadeusa Mozarta, w przedstawieniu przygotowanym przez łódzką Akademię Muzyczną.
Już w czasie studiów współpracowała z Warszawską Operą Kameralną, Operą Bałtycką w Gdańsku i Teatrem Wielkim w Poznaniu. Później została zaangażowana do Teatru Muzycznego Roma w Warszawie, którego dyrektorem był wówczas Bogusław Kaczyński. W repertuarze operetkowym debiutowała na scenie tego teatru partią Arseny w spektaklu Baron cygański Johanna Straussa. Obecnie współpracuje z Gliwickim Teatrem Muzycznym, Operą Nova w Bydgoszczy, Operą Krakowską, filharmoniami, orkiestrami symfonicznymi i kameralnymi.
Artystka występowała na wielu renomowanych festiwalach, są to między innymi: Europejski Festiwal im. Jana Kiepury w Krynicy, Festiwal im. Adama Didura w Sanoku, Festiwal Muzyki Wiedeńskiej w Jeleniej Górze, Podlaskie Spotkania z Arią, Festiwal Viva il canto w Cieszynie, Festiwal im. Krystyny Jamróz w Busku–Zdroju, Muzyka w Sandomierzu, Spotkania Polsko-Niemieckie w Reszlu, Grudziądzkie Spotkania Operowe, Festiwal Muzyki Dawnej na Zamku Królewskim w Warszawie, Festiwal Kompozytorów Polskich w Bielsku–Białej. W 2000 roku brała udział w prapremierowym wykonaniu Messa degli Angeli Charlesa Heimermanna w Rzymie. Utwór ten skomponowany i wykonany został specjalnie z okazji osiemdziesiątej rocznicy urodzin papieża Jana Pawła II.
W swoim bogatym repertuarze artystka ma wiele partii sopranowych, między innymi w takich operach i operetkach jak: Cosi fan tutte, Czarodziejski flet, Don Giovanni Wolfganga Amadeusa Mozarta, Carmen Georgesa Bizeta, Don Pasquale Gaetano Donizettiego, La bohème Giacomo Pucciniego, Baron cygański, Zemsta nietoperza Johanna Straussa, Księżniczka czardasza, Hrabina Marica Imre Kálmána, Wesoła wdówka, Kraina uśmiechu Ferenca Lehára, Ptasznik z Tyrolu Karla Zellera, Kwiat Hawajów Pála Ábraháma, Anna Karenina Andrzeja Zaryckiego, Błękitny zamek Romana Czubatego.
Dorobek artystyczny Małgorzaty Długosz obejmuje również dzieła oratoryjno-kantatowe, są to między innymi: Johann Sebastian Bach – Magnificat, Georg Friedrich Händel – Mesjasz, Joseph Haydn – Stworzenie świata, Wolfgang Amadeus Mozart – Msza koronacyjna, Giovanni Battista Pergolesi – Stabat Mater, Gioacchino Rossini – Stabat Mater, Karol Szymanowski – Stabat Mater.
W 2003 roku Związek Artystów Scen Polskich przyznał artystce Dyplom Uznania za wybitne osiągnięcia w sztuce wokalno-aktorskiej na scenach teatrów muzyczno-operetkowych i za całokształt pracy artystycznej. W 2007 roku za partię Micaeli w operze Carmen Georgesa Bizeta, wystawionej w ruinach Teatru Miejskiego w Gliwicach, otrzymała nominację do Złotej Maski.
W 2009 roku Małgorzata Długosz odznaczona została przez Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego medalem Zasłużony dla kultury polskiej.