Urodził się w Lublinie. Jest absolwentem Akademii Muzycznej im. Fryderyka Chopina w Warszawie, w której odbywał studia dyrygenckie w klasie profesora Henryka Czyża (koncert dyplomowy z orkiestrą Filharmonii Narodowej w Warszawie). Naukę kontynuował w Hochschule für Musik und Darstellende Kunst Mozarteum w Salzburgu pod kierunkiem Michaela Gielena. Uczestniczył w kursach interpretacyjnych prowadzonych przez Davida Epsteina.

W 2008 r. Rada Wydziału Dyrygentury, Kompozycji i Teorii Muzyki Akademii Muzycznej im. Fryderyka Chopina w Warszawie (obecnie Uniwersytet Muzyczny Fryderyka Chopina) nadała mu tytuł doktora sztuki muzycznej.

Działalność artystyczną rozpoczął w 1989 r. Jego dyrygencki kunszt poznali melomani Stanów Zjednoczonych, Korei Południowej, Egiptu, Niemiec, Austrii, Włoch, Francji, Portugalii, Szwecji, Holandii, Danii, Ukrainy i Albanii. Regularnie koncertuje w kraju prowadząc orkiestry większości polskich filharmonii.

Współpracuje z wybitnymi solistami. Uczestniczył w wielu krajowych i międzynarodowych festiwalach. Ma w repertuarze wszystkie najważniejsze dzieła symfoniczne i kameralne.

Dokonał kilku światowych i europejskich prawykonań oraz rejestracji dla radia i telewizji m. in. TVP2, TV Polonia, II Programu PR, Telewizji Ukraińskiej, Telewizji Egipskiej (satelitarna transmisja koncertów z Cairo Symphony Orchestra), Telewizji Albańskiej (satelitarna retransmisja koncertu z Orkiestrą Symfoniczną Radia i Telewizji w Tiranie).

W latach 1993-2011 Piotr Wijatkowski pracował w Filharmonii im. Henryka Wieniawskiego w Lublinie. W 1997 r. objął stanowisko pierwszego dyrygenta, a od 2009 r. do końca 2011 r. był jej dyrektorem artystycznym. Z orkiestrą Filharmonii Lubelskiej występował na wielu krajowych estradach, m. in. dwukrotnie w Filharmonii Narodowej w Warszawie oraz w Studiu Koncertowym im. W. Lutosławskiego w Warszawie (Polskie Radio). Poprowadził również dziesięć zagranicznych tournées orkiestry (kraje europejskie oraz Korea Południowa).

Dyskografia artysty zawiera siedem płyt nagranych z Orkiestrą Symfoniczną Filharmonii Lubelskiej. Pięć z nich wydała polska firma fonograficzna DUX, a dwie ukazały się za granicą (Orphée we Francji, SEM Gramophone w Korei Południowej).

Przez kilka lat związany był z Teatrem Muzycznym w Lublinie, gdzie w latach 2014-2015 sprawował funkcję dyrektora artystycznego. Dyrygował spektaklami musicalowymi i operetkowymi. Kierownictwo muzyczne spektakli: The Musical Show, Koncert Fantastyczny, Machiavelli, Trzy razy Piaf.

Innym ważnym elementem pracy artystycznej Piotra Wijatkowskiego jest działalność kompozytorska. Jest on autorem muzyki do kilku spektakli teatralnych oraz dokumentalnych produkcji telewizyjnych. Ma w swoim dorobku zarówno formy instrumentalne, jak i wokalno-instrumentalne.

Równolegle z artystyczną, Piotr Wijatkowski prowadzi działalność pedagogiczną. Wykłada dyrygenturę na stanowisku adiunkta w Instytucie Muzyki Wydziału Artystycznego Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie.

W 2008 roku wystąpił w roli dyrygenta w filmie fabularnym Wiosna 1941 (reż. Uri Barbash), zrealizowanym w koprodukcji polsko-izraelskiej.